清朝咸丰年末（西元1860年），大清因长期以来的闭关锁国政策，国势已盛极而衰，西方各国凭藉船坚炮利，大举入侵中国。在这个动乱的时代，一段恩怨纠葛的爱恨情仇、揉合保家卫国的壮烈故事就此展开。台湾艋忠义堂武馆，世代相传，济弱扶倾，在地方上颇富威望。忠义堂大弟子魏永来，武艺超群但心胸狭隘、热衷名利，老馆主年事已高，因见永来心术不正，遂决定将馆主之位交由二弟子黄万里继任。永来不堪受辱，愤而叛离师门投效清廷，并扬言誓报此仇！某日永来重回艋，竟以谋逆罪名率朝廷大军攻打忠义堂，老馆主危急间遣散众弟子，自己则为永来所弑，忠义堂一夜被灭！万里赶回师门时，惊见师门被灭、师父身亡，而师弟们均下落不明，连仇家是谁亦不得而知！万里流浪全台四处探访案情，却始终音讯渺茫，心灰意冷之下，遂隐姓埋名，在鸡笼一富商徐老爷家做护院。徐老爷常年往返大陆福建经商，万里与徐家大小姐惠娘日久生情，两人珠胎暗结，生下一子。不料徐老爷返台得知真相后，大怒惠娘有辱门风，于是派人将万里杀死，并狠心将孙子放水流走！惠娘大受打击下变得浑浑噩噩，被徐老爷带回福建，从此不知所踪。原来当日万里被杀重伤未死，被艋林姓大户之女林阿雪所救，万里伤愈后感恩图报，遂娶阿雪为妻，并于艋重开忠义堂武馆，继承师门遗志，造福乡里。
　　二十五年后，已是清光绪十年（西元1885年），台湾正面临法兰西国的虎视眈眈，情势紧张。此时万里已将忠义堂经营得好生兴旺，成为北台湾著名的武馆，他与阿雪之子黄飞虎，风流倜傥、武艺高强，乃地方上有名的少年英雄。万里的连襟林逢春，当初入赘林家娶了阿雪之姐，继承林家产业，成为艋西游记2010动画版有名的富商士绅，生有长女林玉红，在日本留学；儿子林玉树，在忠义堂学艺。这日乃玉红从日本学成返乡之日，玉红的轿子经过菜市场时，忽见一人口贩子竟命奴隶阿牛以口拖牛车，取悦观众，玉红见阿牛浑身鞭伤，心下不忍，便将他买下带回家。逢春久不见女儿，见她一回台湾便带著一个乞丐回家，不悦下欲赶阿牛出门。玉红无奈，便央求姨丈万里收留阿牛，在武馆打杂。阿雪早有意撮合飞虎与玉红表兄妹两人，不料阿牛出现后，玉红竟对他百般关心，却对飞虎不假辞色！心高气傲的飞虎心怀愤懑，某日发现阿牛竟私下偷学武功，于是决定动用家法，将阿牛打断双腿赶出武馆！阿牛向万里表达身世凄凉，一腔热诚想学武功出人头地，乞求万里能收留为徒。万里有心成全但于理不合，正无奈间，飞虎故意出一难题，谓阿牛若能抱起大院中火烫的鼎炉，便让他入门。阿牛一言不发，天生神力的他一把将鼎炉举起，厅内众人欢声雷动！只见人在旅途原唱火烫的鼎炉竟在他双臂至胸前，烙下两条飞龙在天的纹身！万里正惊喜之间，猛然发现阿牛胸膛上竟有一块殷红的胎记，原来阿牛正是他与惠娘所生，失散多年、生死不明的亲生子！
　　一波未平、一波又起，阿牛的身世真相会被揭开吗？他和飞虎两兄弟与玉红间的三角恋情，会有什么感人肺腑的发展呢？当年的永来重现江湖了，想不到他竟然已是手握重兵的台湾府总兵大人，而惠娘更竟然成了总兵夫人！这其中到底有什么扑朔迷离的恩怨呢？忠义堂当年死伤失散弟子的后人陆续出现了，何明秀、谢友煌、杜直、李天九、张宝，这些英雄好汉之间会有什么可歌可泣的故事？他们身上的香包又到底隐藏什么秘密？黄万里与魏永来的恩怨该如何了结？法兰西人终于侵略台湾了，谁能够力挽狂澜，救百姓于水火之中..........